Garnfiske er en effektiv og selektiv metode, men innebærer flere utfordringer knyttet til lokalisering, tap av redskap og miljøpåvirkning. Garn kan være krevende å finne igjen, særlig ved sterk strøm og krevende bunnforhold, noe som kan føre til tap av fangst og utstyr. Tapte garn kan bidra til spøkelsesfiske, og manglende oversikt over posisjon, dyp og bevegelse kan gjøre fisket mindre effektivt og mer risikofylt.