Bruken av USV-er i militære operasjoner innebærer flere utfordringer knyttet til robusthet, kontroll og integrasjon. Kommunikasjon og navigasjon kan være sårbare for jamming, tap av signal eller cyberangrep, særlig i omstridte områder. Autonomi- og beslutningsstøttesystemer må fungere pålitelig i komplekse og uforutsigbare maritime miljøer, samtidig som USV-er må kunne integreres sikkert med bemannede plattformer og eksisterende kommando- og kontrollsystemer. I tillegg stiller vær, sjøtilstand, logistikk og vedlikehold høye krav til både design og operativ bruk, i både militære og sivile sammenhenger.
